建筑企业跨区预缴了税款,但是后来企业按照销项减进项计算的应纳增值税小于预缴数,多预缴的部分可以在以后期间继续抵扣应纳增值税,而不能直接申请退税金。预缴税款依据:国税总局2016第17号公告:第四条 纳税人跨县（市、区）提供建筑服务,按照以下规定预缴税款：（一）一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务,适用一般计税方法计税的,以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额,按照2%的预征率计算应预缴税款。（二）一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务,选择适用简易计税方法计税的,以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额,按照3%的征收率计算应预缴税款。（三）小规模纳税人跨县（市、区）提供建筑服务,以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额,按照3%的征收率计算应预缴税款。