小微企业申请退税流程：(1)首先提交自己企业的相关证件，以及填写登记表，到有关工商行政部门登记后，要在30天内办理退税的登记;(2)工商部门对企业退税登记进行申报和受理，将企业提交的材料以及登记表和出口产品经营权批准文件等等报送税务局;(3)税务局受理登记后，审核无误后按照程序流程批准后就给企业发放出口退税登记;(4)如果企业由于经营发生变化，可以根据自己的情况申请变更或是注销退税的登记。对于小微企业的退税是税务机关按规定退还纳税人的一项说收的业务，一般包括三种退税情况：由于工作差错多征收的办理误收的退税;国家政策规定的变动或是涉及到税款需要办理的政策性退税;由于其他特殊原因申请的退税，如企业经营发生变化的情况。