1、税率不同：年终奖单独计税时，使用的月度税率表；而综合计税时，使用的是综合所得年度税率表。当然年终奖使用的月度税率表，也是从综合所得税率表转化而来。毕竟，不管怎么计算，实际的税负是一样的，只是在细节方面有所不同。2、计税依据不同：年终奖单独计税时，需要使用年度奖金总额除以12的数值，作为计税依据确定税率；而综合计税时，年终奖需要并入综合所得，按照综合所得确定税率。由于计税依据不同，也会产生不同的结果。具体来说，年终奖单独计税时，肯定是需要缴纳税款的；而综合计税时，由于还可以扣除很多费用，实际上可能并不需要缴纳税款。