国家发展和改革委员会、水利部、国家卫生和计划生育委员会、环境保护部和财政部联合印发了《农村饮水安全工程建设管理办法》，对农村饮水安全工程职责分工、项目实施、资金管理、建后管理等方面做出了详细规定。对于职责分工，《办法》规定，农村饮水安全保障实行行政首长负责制，地方政府对农村饮水安全负总责，中央给予指导和资金支持，各有关部门要在政府的统一领导下，各负其责，密切配合，共同做好农村饮水安全工作。 对于项目实施，《办法》规定，农村饮水安全项目区别不同情况由地方发展改革部门审批或核准。对实行审批制的项目，项目审批部门可根据经批准的农村饮水安全工程规划和工程实际情况，合并或减少某些审批环节；中央投资规模计划下达后，各省级发展改革部门要按要求及时会同省级水利部门将计划分解安排到具体项目。