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机动车检测站的主管部门是交通局。交通局是主管全市公路、水路和地方铁路交通行业管理的市政府工作机构，内设办公室、人事科、综合科、财务科、计划基建科、政策法规科等6个职能科室，共有市直交通事业单位8个。其中，正县级3个：市公路管理局、市航运管理局、市地方铁路管理局，副县级2个：市运输管理处、市交通稽查支队，正科级3个：市交通战备办公室、交通信息中心、市交通基本建设工程质量监督站。

机动车检测公司是私人的，严格执行政府部门不准经办检验机构等企业的规定。要正确处理政府与市场的关系，全面推进检验机构社会化，严格执行中央、国务院关于严禁党政机关和党政干部经商、办企业等规定，公安、质量监督等政府部门及下属企事业单位、社会团体一律不得举办检验机构，公安民警、质量监督部门工作人员及其子女、配偶不得以任何形式参与检验机构经营。