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监理工程师能独立处理单价的合理调整和索赔批准，只要达成补充协议就可以了

要看合同文本和补充协议文本是整本还是装订的形式。 如果是装订形式的话，加盖骑缝章，证明此文件是一套。 如果没有骑缝章只要能保证三份合同一致也可以。

可以。招标漏项可以签订补充协议，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

《中华人民共和国民法典》 第七百九十三条 建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。 第八百零六条 承包人将建设工程转包、违法分包的，发包人可以解除合同。发包人提供的主要建筑材料、建筑构配件和设备不符合强制性标准或者不履行协助义务，致使承包人无法施工，经催告后在合理期限内仍未履行相应义务的，承包人可以解除合同。合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款；已经完成的建设工程质量不合格的，参照本法第七百九十三条的规定处理。

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