灌区实行统一管理和分级管理相结合的管理体制。省政府水行政部门是灌区的主管部门，其所属的灌区工程管理单位承担相关具体管理工作；灌区内市、县级政府水行政主管部门和乡镇政府按照管理权限，负责本行政区域内灌区管理的有关工作；市、县级政府水行政主管部门所属的灌区工程管理单位承担相关具体管理工作。渠首枢纽等重要控制性工程、总干渠、跨市的干渠和分干渠，由省灌区工程管理单位管理；跨县(市、区)的干渠和分干渠，具体管理权限由灌区工程所在地市政府确定；其他干渠和分干渠，由灌区工程所在地县级政府水行政主管部门管理。为推动灌区深入践行绿色发展理念、有效防治污染，求灌区内建立三级河湖长制和四级林长制。分级分段组织领导灌区水资源保护、水域岸线管理、水污染防治、水环境治理、水生态修复、执法监管等工作，分级组织领导本行政区域内灌区林业生态保护修复、城乡造林绿化、森林质量效益提升、预防治理森林灾害、执法监管等工作。省及灌区内市、县级政府建立跨行政区域的地表水环境生态保护补偿机制，落实水环境质量管理责任，落实生态补偿资金，并禁止在灌区饮用水水源保护区内设置排污口。