工程质量保证金协议的内容有：1.写明工程保证金合同委托方及各方的基本信息，甲方开户银行，乙方建设单位，丙方，根据建设部信息。2.经三方协商，甲方委托乙方为丙方在建设工程竣工验收时设立建设工程质量保证金专户。为明确三方责任和义务，由三方共同签署建设工程质量保证金管理协议。等等。