当纳税人一年在两家公司任职时，则需要委托其中一个单位或选择任意一个单位进行全额申报即可，因为一个身份证只能申报一次，所以不存在分开申报，且纳税人缴纳的个人所得税与公司无关，但与收入有关，只要将一年内的收入进行全额申报即可退税。一年在两家公司任职分为两种情况，第一种情况是纳税人同时在两家公司上班；第二种情况是纳税人中途离职换了一家公司上班，如果是自己申报的话只能申报一次，但如果是企业申报在，则可以选择两家企业分别申报以及委托一家企业进行申报。退税操作流程：1、打开手机个人所得税APP。2、点击“常用业务”中的“综合所得年度汇算”。3、选择“使用已申报数据填写”。4、确认开始申报后，系统提示标准申报须知，点击我已阅读并知晓。5、对个人基础信息、汇缴地、已缴税额进行确认。6、确认后点击下一步。7、点击申请退税即可。