非婚生子抚养权协议书有法律效力。如果抚养协议是出自于双方当事人的真实意思表示，符合法律规定的，经双方当事人签字后抚养权协议有效，即有法律效力。抚养权是指父母对其子女的一项人身权，也是一项义务。它是基于血亲(包括自然血亲与拟制血亲)而产生的。基于自然血亲产生的抚养权包括父母对婚生子女的抚养权、非婚生子女的抚养权。所谓子女抚养协议,是指离婚男女或者同居等情况下有子女的男女双方就孩子的抚养问题,包括生活费、教育费、医疗费和探望权等内容进行协商,达成的协议。子女抚养协议会因为情况的不同而导致协议内容有所差异。