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如果国土局办证有瑕疵的话，国土局属于国家行政机关，您可以先到行政部门提起行政复议，如果复议的结果还是对您不利，您可以提起行政诉讼的

处理土地权属纠纷的程序是： 1、协商。因土地使用权发生纠纷的双方当事人可以通过协商解决； 2、调解。当事人可以通过调解解决纠纷； 3、仲裁。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向辖区仲裁机构申请仲裁； 4、诉讼。根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。 法律依据 《土地管理法》第十四条　 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。