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可以申请鉴定，需要的证据包括鉴定报告、某公司修建公路，你们房屋在公路边的情况说明证明、房屋产权证、房主身份证复印件等材料。

协商不成建议起诉。民事纠纷的起诉的程序如下：1、写好起诉书；2、携带证据和起诉书到法院立案并交诉讼费；3、法院审查确定受理后就会开庭审理；4、法院判决；5、执行判决。民事案件审理时间：简易程序3个月内审结。普通程序6个月内审结。

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