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主体劳务合同有纠纷不影响二次结构劳务合同的履行。没有连带关系，也不是互为前提。如果有异议可以申请劳动仲裁。 根据《劳动争议仲裁调解法》第二十八条等相关规定，劳动仲裁按以下程序进行： 一、争议一方提交申请书，包含劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务，仲裁请求和所根据的事实、理由，证据和证据来源、证人姓名和住所； 二、劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请后，应当在五日内将仲裁申请书副本送达被申请人； 三、仲裁庭应当在开庭五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人； 四、仲裁庭在作出裁决前，应当先行调解； 五、调解不成或者调解书送达前，一方当事人反悔的，仲裁庭应当及时作出裁决。

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劳务公司与总包主体合同超付工程款并不影响总包与劳务公司二次结构合同工程款正常支付

如果有异议可以申请劳动仲裁。 根据《劳动争议仲裁调解法》第二十八条等相关规定，劳动仲裁按以下程序进行： 一、争议一方提交申请书，包含劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务，仲裁请求和所根据的事实、理由，证据和证据来源、证人姓名和住所； 二、劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请后，应当在五日内将仲裁申请书副本送达被申请人； 三、仲裁庭应当在开庭五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人； 四、仲裁庭在作出裁决前，应当先行调解； 五、调解不成或者调解书送达前，一方当事人反悔的，仲裁庭应当及时作出裁决。