肯定是不合法的。劳务关系主要靠民法和合同法约束，就是靠双方当初签的实习协议，如果协议中没有规定迟到可以扣工资，用人单位不能随意克扣工资。 因劳务关系发生争议后，当事人可以协商解决，也可以直接至法院起诉，但因为不适用劳动法而不适用于劳动仲裁程序。

用人单位无故克扣劳动者工资，劳动者可以到劳动监察部门投诉，要求用人单位支付工资和经济补偿金。也可以去当地劳动局的话，申请一个相关的劳动仲裁。

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