不合法的，商铺做隔层主要是涉嫌房屋安全问题，需向房屋所在地房产行政管理部门提出书面申请，经批准后方可实施

房屋使用安全管理条例》第二十六条 禁止任何单位和个人从事下列危害房屋使用安全的行为： （一）未经原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，变动建筑主体和承重结构； （二）降低底层室内标高； （三）超过设计标准、规范，增加房屋使用荷载的； （四）安装设施、设备影响房屋结构安全的； （五）法律、法规以及（临时）管理规约禁止的其他危及房屋使用安全的行为。

《房屋使用安全管理条例》第二十六条禁止任何单位和个人从事下列危害房屋使用安全的行为： 未经原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，变动建筑主体和承重结构；降低底层室内标高；超过设计标准、规范，增加房屋使用荷载的；安装设施、设备影响房屋结构安全的；法律、法规以及（临时）管理规约禁止的其他危及房屋使用安全的行为。