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一、妥善处理员工安置问题 公司清算期间，需要逐步解除与所有员工的劳动合同，因此很有可能激起员工的强烈不满甚至引起其过激的反应(包括向有关部门申诉、侵占、破坏公司财产、其他破坏公司清算进展的行为)。另外，公司在清算期间，可能还需要保留一部分员工为其工作(比如会计人员)，因此，何时解除、如何解除与员工的劳动合同是清算过程中一个重点和难点。

二、公司财产被侵占和破坏的有关问题 在清算过程中，因为清算委员会对被清算企业的具体情况还不是很熟悉，因此，有可能发生企业财产被侵占和破坏的现象。

三、公司物品文件的遗失问题 清算过程，因为清算委员会是接管了被清算企业，因此，在交接过程中有可能遗失一些公司的物品和文件，而这些物品文件对于被清算企业而言，很可能是非常重要的，比如：企业的发票本遗失，就会受到税务局的处罚;企业的合同遗失，可能无法准确核对债权债务;公司营业执照、公章等的遗失则可能影响到清算工作的正常进行

四、资产处理问题 在清算程序中，是用金钱对全部债权人进行分配的，对非金钱的企业财产必须通过变卖转化为金钱，这种“转化”过程是被清算企业财产分配的前提条件