疫情期间被隔离公司以年假抵扣是不合法的，因疫情影响，用人单位延迟复工或未返岗期间等不能提供正常劳动的职工休假期间，经与职工协商，用人单位可以用职工的年休假等假期相抵工作日。

如果职工用完各类假期但是仍不能提供正常劳动，用人单位可以按照国家关于停工、停产期间工资支付相关规定与职工协商：在一个工资支付周期内的，按照劳动合同规定的标准支付工资;超过一个工资支付周期的，用人单位应当按照有关规定发放生活费，江苏省的生活费标准是不低于当地最低工资标准的80%。

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