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基本农田的监管，原则上是县级以上人民政府，一般由自然资源局具体执行。在现实中，一般只要不是大面积恶意破坏、侵占基本农田，农户小面积种植树木的行为，只要及时纠正，移走或清理掉树木，恢复原状，都不会追究相应责任，予以处罚的。 当然，如果农户不配合督查整改，拒绝清理树木，恢复原状，监管部门有责任和权利下发整改通知书，限期清理树木，恢复原状，并处相应处罚的，构成犯罪的会移交司法机关，立案侦查，追究刑事责任的。

《土地管理法》第三十二条　省、自治区、直辖市人民政府应当严格执行土地利用总体规划和土地利用年度计划，采取措施，确保本行政区域内耕地总量不减少、质量不降低。耕地总量减少的，由国务院责令在规定期限内组织开垦与所减少耕地的数量与质量相当的耕地；耕地质量降低的，由国务院责令在规定期限内组织整治。新开垦和整治的耕地由国务院自然资源主管部门会同农业农村主管部门验收。 个别省、直辖市确因土地后备资源匮乏，新增建设用地后，新开垦耕地的数量不足以补偿所占用耕地的数量的，必须报经国务院批准减免本行政区域内开垦耕地的数量，易地开垦数量和质量相当的耕地。

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