1、系统性风险 因为小额贷款公司所主要针对的是“农户”和小企业，从目前已有的实践来看，针对农户生产经营中的特殊周期，小额贷款公司可能面临相应的系统性风险。

2、违约风险 违约风险是指因借款人恶意违背贷款合同的约定，致使贷款到期无法偿还所形成的风险。一般而言，由于信息不对称而容易形成违约风险。但通过对已经试点的小额贷款公司的实践发现，由于借款人恶意违约而造成所发放的贷款无法收回的情况较少。这主要是因为借款农户与小额贷款公司都相处于一个相对封闭的区域内，使得公司能以多种方式了解借款农户的经营情况，同时，由于这种人员的低流动性及农村固有的道德约束力，因农户违约而造成贷款无法收回的相对较少。

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