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根据《国家税务总局关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第57号）第3条规定，增值税小规模纳税人月销售额不超过3万元（按季纳税9万元）的，当期因代开增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票）已经缴纳的税款，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。

增值税缴纳是按销项税-进项税差额缴纳的，如进项税大于销项税可以留下月抵扣的。不存在多缴纳的问题。有异议的话可以去税务大厅查询

很高兴这次为您解答。