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农产品进项税额计算扣除的方法:
1、购进农产品,取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的,以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额;
2、按照简易计税方法依照百分之三征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税用发票的,以增值税专用发票上注明的金额和百分之九扣除率计算进项税额;
3、取得农产品销售发票或收购发票的,以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和百分之九扣除率计算进项税额;
4、纳税人购进用于生产销售或委托受托加工百分之十三率货物的农产品,以农产品买价和百分之十扣除率计算进项税额。