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收费标准： 1、持捕捞许可证的非机动渔船，每只每年征收资源增殖保护费50-600元，机动渔船每马力征收20-50元。 2、不用船只捕捞作业的大型网具每套每年征收资源增殖保护费200-600;小型网具、零散作业的每套每年征收50-200元。 3、持专项捕捞许可证作业和外来作业的，征收标准高于普通捕捞许可证和当地作业的50%到100%。特情况可协商适当提高。 4、湖淀、水库、河流、淖泊等从事养殖、种植业的，按使用面积每年每亩征收资源保护费0.50-2.00元。 8、从事水产品收购的，按收购水产品核定价值的1-2%计征。

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收费标准海洋渔业按前三年平均总产值1.5%计征。内陆水域的渔业资源费按前三年平均年总产值的3-4%计征。

《中华人民共和国渔业法》第二十八条：“县级以上人民政府渔业行政主管部门应当对其管理的渔业水域统一规划，采取措施，增殖渔业资源。县级以上人民政府渔业行政主管部门可以向受益的单位和个人征收渔业资源增殖保护费，专门用于增殖和保护渔业资源。渔业资源增殖保护费的征收办法由国务院渔业行政主管部门会同财政部门制定，报国务院批准后施行。”

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使用期1年以上的渔业捕捞许可证实行年度审验（以下称年审）制度，每年审验1次。公海渔业捕捞许可证的年审期为2年。渔业捕捞许可证的年审工作由发证机关负责，也可由发证机关委托申请人户籍或企业所在地的县级以上渔业行政主管部门负责。(二）同时符合下列条件的，为年审合格，由审验人签字，注明曰期，加盖公章：（1)具有有效的《渔业船舶检验证书》和《渔业船舶登记(国籍)证书》，持证人和渔船主尺度、主机功率、吨位未发生变更;渔船作业类型、场所、时限、渔具数量与许可内容一致；（3)按规定填报《渔捞日志》，未超出捕捞限额指标（对实行捕捞限额管理的渔船）；（4)违规案件已经结案；（5)按规定缴纳渔业资源增殖保护费；其他条件符合有关规定。年审不合格的，年审机关可责令持证人限期改正后，再审验1次。再次审验合格的，其渔业捕捞许可证有效。

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