《政府采购法》颁布后，政府采购合同法律性质之争没有结束。这既有理论上尚未解决的问题，也有实践在不断地提出新问题。 问题一，政府采购合同对平等自愿原则的限制与民事合同存在冲突。民事合同的当事人应当是平等的，合同的订立应当是自愿的。但是，作为行政机关的采购人与供应商之间地位，在我国目前的实际情况中，存在着事实上的不平等。民事合同的自愿原则，无论是采购人还是供应商，在政府采购合同订立及履行过程中都受到了很大的限制。就采购人而言，首先，纳入集中采购目录的产品必须由集中采购机构统一采购，从招标、评标一直到最终付款根本就与真正的采购人没有多大关系，采购人在提出采购需求后能做的仅是接受采购结果而已。其次，即便是由采购人自行采购，在采购方式的选择上也根本没有自愿可言。由于政府采购资金来源的公益性，决定了政府采购合同的签订必须遵循竞争性与公开性原则，因此，各国有关政府采购的法律均规定了政府采购的采购方式，并对采用公开招标以外采购方式的情形做出了严格的限制。最终选择谁为中标人取决于供应商的竞争实力与投标价格，采购人根本没有实现自愿选择合同相对人的可能。这一点是与一般的民事合同所不同的。就供应商而言，传统的合同自由也受到了极大的限制。《政府采购法》第四十五条规定：“国务院政府采购监督管理部门应当会同国务院有关部门，规定政府采购合同必须具备的条款。”因此，政府采购合同是一种格式合同。作为格式合同相对一方，供应商就拟定合同条款的自愿是很难实现的。此外，供应商想要进入政府采购市场，其资质和业绩尚需符合《政府采购法》的特殊要求，因此，供应商之间的平等以及市场准入的自愿都是受到很大限制的。 问题二，政府采购的政策目标与民事合同的冲突。在政府采购过程中，物有所值是一般情况下所追求的目标。但政府采购具有一个很大特点是资金来源以及采购目的的公益性，这就决定了政府在采购过程中不仅仅要衡量价格的高低，还要实现其政策目标，而这些政策目标才是所谓的“根本目标”。例如，可以通过政府采购保护生态环境等。也正是因为政府采购所肩负的这种政策使命，有专家提出：“各地应当结合本地实际，确定一个适当的比例，将政府采购合同授予中小企业，或者在其他条件相同的情况下，即使中小企业提供的产品价格略高于其他供应商，也要采购中小企业的产品；对安排残疾人员或下岗人员达到一定比例的企业，更应当予以优惠；对污染环境的企业提供的产品可不予采购；要支持少数民族地区和经济不发达地区的经济发展。”而民事合同只追求合同当事人利益的最大化。这样的政策目标与民事合同显然存在冲突。 问题三，行政权力介入政府采购合同与民事合同的冲突。对于民事合同，行政权力是不能介入具体合同的订立、履行等。如，对于民事合同是否有效、是否撤销、是否变更、是否解除等，如果当事人双方有争议，只能由人民法院或者仲裁机构确认，不能由行政权力确认。由人民法院或者仲裁机构确认，都需要经过漫长的诉讼或者仲裁程序。而政府采购合同要追求效率，只有行政机关的行政决定才能提高这种效率。特别是，如果政府采购合同是民事合同，则要坚持当事人意思自治原则，如果需要撤销、变更等，需要由当事人自己提出。在《政府采购法》立法中我们不能完全预料到所有的政府采购合同问题。“理论是灰色的，实践之树常青”，在立法领域同样适用。在政府采购的实践中，出现了大量应当撤销的合同。如果完全依照《中华人民共和国合同法》，则只有合同关系当事人彼此之间才能相互提出请求，与合同关系当事人没有发生合同上的权利义务关系的第三人、以及行政机关，均不能依据合同向合同当事人提出请求或者提起诉讼。在民事合同的可撤销合同中，即使合同当事人以外的其他主体已得知一方当事人因意思表示不真实而受到损害，若当事人本人不提出撤销，自愿承担损害的后果，法律也应当允许这种行为有效。事实上，《政府采购法》第七十一、七十二条规定的应当撤销的情况中，大多数情况，政府采购合同当事人都不可能主张撤销合同，最为典型的是采购人与供应商恶意串通的情况。在这些情况中，必须将政府采购合同撤销权授予其他主体。这时，行政权力介入政府采购合同成为一种必然。