会的。和一般的房屋不一样，小产权房是特殊的房屋，如果在民事诉讼中，义务人不履行人民法院作出的生效判决的，权利人是可以向人民法院申请强制执行的。人民法院可以采取查封、拍卖的强制执行措施。