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根据上述规定，取消代开货物运输业发票预征个人所得税后，企业支付个人运费不需要代扣代缴个税，应由个人自行申报缴纳经营所得个人所得税 。对个体工商户、个人独资企业、合伙企业和个人，代开货物运输业增值税发票时，不再预征个人所得税。个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人和其他从事货物运输经营活动的个人，应依法自行申报缴纳经营所得个人所得税。

《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）劳务报酬所得；（三）稿酬所得；（四）特许权使用费所得；（五）经营所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得。居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。

货物运输增值税专用发票一般纳税人只能开11%的；如果是小规模纳税人，则需要到税局代开，征收率为3%： 1、从事物流行业的企业，除货物运输业务外，还可以有辅助服务，该项业务税率为6%，但开出的发票不是货物运输专用发票，而是常见的增值税专用发票； 2、如果是小规模纳税人，则按3%征收率计算，计算方式原理同一般纳税人。

所得税的计算方式如下 　　1、如果你单位所得税是核定征收方式应交所得税=不含税收入额X税务核定比例X所得税税率=1000X税务核定比例x25%； 　　2、如果你单位是查账征收方式应交所得税=利润总额x所得税税率；

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