检察院与公安机关对犯罪嫌疑人的罪名认定有冲突时,应按检察院认定的罪名起诉

检察机关作为刑事案件的公诉机关，在案件的审查起诉阶段，如果通过审核公安机关移交的案卷卷宗，认定公安机关对于犯罪嫌疑人采取的刑事拘留的罪名错误，会依法予以变更，按照正确的罪名对犯罪嫌疑人提起公诉。

按照《最高人民法院关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法若干问题的解释》（以下称“刑诉法解释”）第176条第二项的规定“起诉指控的事实清楚，证据确实、充分，指控的罪名与人民法院审理认定的罪名不一致的，应当作出有罪判决”。据此可以得知，在指控罪名与法院审理认定的罪名不一致时，人民法院可以变更人民检察院指控的罪名，而以审理认定的罪名对被告人定罪。

检察院可以退回公安机关补充侦查，提起公诉以检察院认定罪名为准。