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应当以实际面积进行确权登记。至于面积不符的，如何处理，则是另一回事。如果有争议的，参照《农村土地承包法》第五十一条 的规定处理。 一、如果比应分面积少了，集体有机动地的，能补足就补足； 二、如果比应分面积多了，一般不作调整，就以实际面积确权登记； 三、如果集体无法进行调整的，那就不调整，只能维持现状。如果有争议的，参照《农村土地承包法》第五十一条 的规定处理： 1、因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。 2、当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。

《土地所有权和使用权的若干规定》 第一条 为了确定土地所有权和使用权，依法进行土地登记，根据有关的法律、法规和政策，制订本规定。 第二条 土地所有权和使用权由县级以上人民政府确定，土地管理部门具体承办。土地权属争议，由土地管理部门提出处理意见，报人民政府下达处理决定或报人民政府批准后由土地管理部门下达处理决定。

政府会派人到农村去测量房屋，房屋的面积、构造等都会进行详细的记录，并且进行存档。当这些房屋信息有了变动之后，也会相应的跟进，这样的工作规避了很多的问题，建档之后也保护了村民的房屋信息安全。